Najjednoduchší spôsob prepravy na ostrov Santorini je z medzinárodného prístavu Atén. Let trvá približne 40 minút.
Z európskych veľkomiest premávajú čarterové lety priamo na Santorini počas letnej sezóny. V lete je ostrov letecky spojený i s mestom Thessaloniki.
Alternatívna preprava na ostrov je trajektom z prístavu Piraeus, Thessaloniki alebo Kréty a zo všetkých ostrovov Kykladského súostrovia. Plavba na člne trvá približne 7 - 9 hod. Rýchlostné člny premávajú počas letnej sezóny z prístavu Piraeus, Kykladských ostrovov a Kréty.