Ostrov bol pravdepodobne osídlený už v neolitickom období. V antike mal názov Peparethos. Prvé doklady o ňom sa datujú do pre-helenistického obdobia (2 800 p.n.l. - 2 000 p. n. l.)

Podľa archeologických vykopávok boli prvými obyvateľmi na ostrove Kréťania z Knossosu. Ostrov osídlili v roku 1 600 p.n.l. Ich vodcom bol mytologický kráľ Stafilos, syn Theseusa a Ariadne.

Kréťania založili kolóniu, na mieste ktorej vyrástlo dnešné hlavné mesto. Pomenovali ju podľa Stafilosovho brata – Peparithos. V tom čase sa ostrov pýšil dvoma mestami – mestom Panormos a Selinous, ktorý bol neskôr známy pod menom Peparithos.
 
Po páde nadvlády Byzantskej ríše, Skopelos bol spravovaný rodinou Gyzis  (r.1207). O 70 rokov neskôr opäť sa dostal pod správu Byzanskej ríše. V r. 1453 prevzali nad ním správu Benátčania. Turci ho ovládli v r. 1538, ktorí dokázali zničiť kompletne celý ostrov.